Dopo la morte di Martino da Signa, occorsa nel 1387, i libri del lascito di Boccaccio pervennero alla biblioteca del convento di Santo Spirito. Nel testamento il Certaldese chiedeva che fosse redatto un inventario, ma non si ha notizia che la richiesta sia stata esaudita.

Un inventario dei libri di Santo Spirito, comprendente anche il lascito di Boccaccio, è stato compilato molti anni dopo, tra il 1450 e il 1451, a settantacinque anni dalla morte del testatore, e lo si legge nel ms. Firenze, BML, Ashb. 1897, codice che contiene l’inventario patrimoniale del convento. A metà Quattrocento la biblioteca del convento era stata profondamente riorganizzata dai tempi del Certaldese, anche per l’intervento di umanisti illustri quali Niccolò Niccoli. Era stata distinta una libraria maior o magna, e una minor o parva: la prima doveva comprendere i volumi di consultazione più frequente per i frati che risiedevano e frequentavano convento, e contava 470 volumi distribuiti in 24 banchi; la minor, o parva, invece accoglieva alcuni doppioni della precedente, e in generale i libri di più rara consultazione, e contava 107 codici distribuiti in 8 banchi. Il metodo di catalogazione prevedeva l’indicazione della collocazione con l’identificazione del banco, indicato con le lettere dell’alfabeto latino per la Magna libraria, in numeri romani per la Parva, il titolo dell’opera e solitamente l’autore, una rapida descrizione indicante il colore e il materiale della copertura (copertus corio…), le parole incipitarie e - particolare utile a distinguere i singoli volumi - le parole finali del verso della penultima carta.

Fin dalla presentazione di questi inventari da parte di Arthur Goldmann fu immediatamente compresa l’importanza di questo strumento per identificare gli autografi o gli esemplari della biblioteca di Boccaccio. I primi a mettersi sulle tracce dei libri del Certaldese furono Francesco Novati e Oskar Hecker, veri pionieri degli studi sulla biblioteca boccacciana, che riuscirono a riconoscere alcuni esemplari grazie agli item degli inventari quattrocenteschi di Santo Spirito.

L’eventuale riconoscimento dell’esemplare di Santo Spirito, e il confronto con gli autografi sicuri del Certaldese, sono state le chiavi per le successive scoperte dei libri della sua biblioteca. I libri di Boccaccio finirono perlopiù nella Parva libraria di Santo Spirito. Sono stati riconosciuti questi codici con segnature della parva, autografi o con note autografe di Boccaccio:

1- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 29.8 – Zibaldone Laurenziano (in origine costituiva una sola unità codicologica con il Laur. Plut. 33.31); probabile collocazione nella Parva libraria: IV.2.

2- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 33.31 – Miscellanea Laurenziana (in origine costituiva una sola unità codicologica con il Laur. Plut. 29.8).

3- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 38.6 (postillato con quattro carte interamente autografe, cc. 43, 100, 111, 169) – Stazio, Thebais con il commento di Lattanzio Placido; collocazione nella Parva libraria: VIII.9.

4- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 38.17 – Terenzio, Commedie; collocazione nella Parva libraria: II.2.

5- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 52.9 – Genealogie deorum gentilium; collocazione nella Parva libraria: III.1.

6- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 54.32 – Opere di Apuleio narrativo; collocazione nella Parva libraria: VI.2.

7- Firenze, Bibl. Riccardiana, 627 (in parte postillato e in parte autografo; di mano del Boccaccio i ff. 29r-102v) – Orosio e Paolo Diacono; collocazione nella Parva libraria: II.7; costituiva una sola unità codicologica con i mss. Ricc. 2795^VI e Harley 5383.

8- Firenze, Bibl. Riccardiana, 1232 – Buccolicum carmen; collocazione nella Parva libraria: V.12.

9- Firenze, Bibl. Riccardiana, 2795^VI – Paolo Diacono, Pasquale Romano; costituiva una sola unità codicologica con i mss. Ricc. 627 e Harley 5383.

10- London, British Library, Harley 5383 – Paolo Diacono; costituiva una sola unità codicologica con i mss. Ricc. 627 e 2795^VI.

11- Milano, Bibl. Ambrosiana, C 67 sup. – Marziale, Epigrammi; collocazione nella Parva libraria: VI.7.

12- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 34.39. Sec. XII; Giovenale. Collocazione nella Parva libraria: II.6.

13- Firenze, Bibl. Medicea Laurenziana, Plut. 35.23. Sec. XII e XIV; Lucano. Collocazione nella Parva libraria: II.12.

14- Firenze, Bibl. Riccardiana, 489. Databile attorno al 1300; Ovidio ‘minore’, ps.-Ovidio, Faltonia Proba, Cento vergilianus. Collocazione nella Parva libraria: VIII.5.

15- Firenze, Bibl. Riccardiana, 1230. Secc. XIII/XIV. Giovanni Gallico, Compendiloquium. Collocazione nella Parva libraria: IV.15.